DEMとの最終決戦。始原の精霊―崇宮澪との戦いから一年。そして夜刀神十香が消えてしまってから一年。元精霊の少女たちは過去と向き合いながら未来へと進み始めていた。五河士道もまた喪失感を抱えながら精霊が消滅した世界でのいつも通りの日常が始まると思っていた。存在しない精霊の少女と出会うまでは―。「―君、は...」「...名、か。...そんなものは、忘れた―」世界を否定するかのように世界を壊す少女を前に琴里は士道に言う。「あなたの出撃は認められないわ」さあ―私たちの最後の戦争を始めましょう。