Der zehnjährige Magier Negi Springfield hat gerade seinen Magier-Abschluss gemacht. Zur Weiterbildung muss er danach einen Job an einer Mädchen High School annehmen. Doch weil er seinen Schülerinnen gerade mal bis zur Brust reicht, wird er bald zum Opfer ihrer Spötteleien. Eines Tages entdeckt die Schülerin Kagurazaka sein magisches Geheimnis und zwischen den beiden entsteht eine eigenartige Freundschaft. Damit Negi ein richtiger Lehrer werden kann, macht er sich zusammen mit einer bunt gemischten Gruppe auf die Suche nach einem magischen Buch, das in der riesigen Schulbibliothek versteckt sein soll.